Okulumuz ilk olarak tarihi Zile Kalesi yanındaki daha önce Necmi Muammer İlköğretim Okulu olarak hizmet veren binada eğitim öğretim faaliyetine başlamıştır.. 1956 yılından 1985 yılına kadar geçen süreçte okulun bulunduğu tarihi Zile Kalesi yanında, iki katlı ve ahşap bir bina olan Tarihi Kale Ortaokulu, ilçemiz eğitimine hizmet vermekte iken 1985 yılında dönemin Tokat Valisi Sayın Recep YAZICIOĞLU tarafından yeniden yaptırılmıştır.

       1985 yılından 2012 yılına kadar Necmi Muammer İlkokulu/ilköğretim Okulu olarak faaliyet göstermiştir. İlköğretim ve eğitim kanununda 30 Mart 2012 Tarihindeki değişiklik ve 4+4+4 sistemine geçilmesi ile ülkemizde bağımsız imam hatip ortaokullarının önünün açılmasıyla 2012-2013 Eğitim Öğretim yılında 54 beşinci Sınıf öğrencisi ile eğitim hayatına başlamıştır. İlk mezunlarını 2015-2016 eğitim öğretim yılında 58 öğrenci ile vermiş olan okulumuz, 2016-2017 eğitim öğretim yılında geçici olarak eski Alparslan Ortaokulu binasında, Kız Anadolu İmam Hatip Lisesi ile birlikte eğitim hizmet vermiştir. 2017-2018 Eğitim Öğretim Yılından itibaren Dinçerler Mah. Ender Sk No: 21 de İmam Hatip Ortaokulu olarak yapılan kendi binasına taşınmıştır. "Zile İmam Hatip Ortaokulu" olan okulumuzun ismi, 12/12/2018 tarih ve 24004081 sayılı Tokat Valilik makam onayı ile "Şehit Emre As İmam Hatip Ortaokulu" olarak değiştirilmiştir. Okulumuz 2017-2018 eğitim öğretim yılından  2019-2020 Eğitim Öğretim Yılı sonuna kadar Fevzi Çakmak Ortaokulu ile birlikte  eğitim öğretime devam etmiştir. 2020-2021 Eğitim Öğretim Yılında da Zile Anadolu İmam Hatip Lisesi ile birlikte eğitime devam edilecektir.